In piazza Missori si conservano parte dell’abside e la cripta della chiesa di San Giovanni in Conca, ricostruita in forme romaniche tra XI e XIII secolo su uno dei più importanti edifici di culto paleocristiani milanesi, sorto tra V e VI secolo in un avvallamento del terreno da cui deriverebbe l’appellativo “in conca”. Sconsacrata alla fine del Settecento e successivamente spogliata e mutilata, la chiesa è definitivamente sacrificata nel secondo dopoguerra alle esigenze del traffico cittadino, che impongono la sua quasi completa demolizione per l’apertura di via Albricci. Nel 1948 la facciata viene smontata e trasferita sulla fronte del tempio valdese in via Francesco Sforza, dove oggi è visibile. Dopo un attento restauro conservativo, la cripta è oggi spazio espositivo e punto di partenza per visite guidate alle aree archeologiche di Milano.  

Le opere, che in origine decoravano la basilica, oggi sono dislocate per i musei della città: il monumento di Bernabò Visconti, il monumento di Beatrice d’Este e gli affreschi risalenti all’età paleocristiana e rinascimentale sono conservati al Museo d’Arte Antica del Castello Sforzesco: “Il Cristo crocifisso con Vergine, San Giovanni Evangelista e la Maddalena” realizzato nel 1571 da Giovanni Paolo Lomazzo è custodito presso la Pinacoteca di Brera; “il Battesimo di Cristo” opera di Bernardino Lanino è custodito nel Duomo di Busto Arsizio.  

Il Museo di Arte Antica ove sono conservati le tombe viscontee e gli affreschi è raggiungibile con M1 (linea rossa) fermata Cairoli-Castello - M2 (linea verde) fermata Lanza. 

I milanesi chiamano i resti della Chiesa: “el dent cariaa”, per la forma frastagliata dei ruderi tuttora visibili in Piazza Missori. 

I RESTI ARCHEOLOGICI
 

Una ricca domus di età imperiale

Le indagini archeologiche condotte nel 1881 sotto la navata centrale, in concomitanza con la riduzione della lunghezza della chiesa per l’apertura di via Carlo Alberto (attuale via Mazzini), hanno riportato in luce resti di un’abitazione del quartiere residenziale, costituito da eleganti edifici con pareti affrescate, pavimenti mosaicati e impianti di servizio, che occupava l’area sud-orientale della città prima dell’edificazione della chiesa paleocristiana. Documenta l’elevato livello della domus un mosaico policromo del III secolo, (oggi al Museo Archeologico), uno dei pochissimi esempi milanesi con motivi figurati: entro uno schema geometrico a meandro sono riquadri con animali, tra i quali è interamente conservata la figura di un felino. Allo stesso edificio doveva appartenere una cisterna in laterizi rivestita da cocciopesto impermeabilizzante e alimentata da condutture in piombo, visibile nella cripta.

La basilica paleocristiana e la successiva chiesa romanica

Tra V e VI secolo l’area acquista nuove funzioni religiose e funerarie; sulle precedenti abitazioni sorge una chiesa ad aula unica absidata, stretta e allungata (17x53 metri), con pareti scandite esternamente da paraste, di cui si sono rinvenuti resti durante le indagini archeologiche condotte tra il 1948 e il 1952 in occasione della demolizione dell’edificio. Della basilica paleocristiana, dedicata a San Giovanni Evangelista, si conserva una porzione del pavimento in piastrelle di marmo bianco e basalto, recuperata negli scavi del 1881. Attorno alla chiesa si estendeva una necropoli di cui si sono rinvenute diverse tombe, una delle quali internamente affrescata con immagini allusive alla morte e alla resurrezione dell’anima: su un lato lungo della cassa in pietra sono due cervi affrontati in un giardino, ai lati della croce, su un lato breve due pernici rivolte verso una palma. L’affresco, di V-VI secolo, è uno dei pochissimi esempi di pittura paleocristiana conservati a Milano (Castello Sforzesco, Museo di Arte Antica).  
Nell’XI secolo la chiesa fu completamente riedificata in forme romaniche e dotata di una cripta, l’unica di tale epoca ancora esistente a Milano; essa costituisce oggi la sola testimonianza superstite della basilica, nuovamente ricostruita nel XIII secolo e demolita dopo la Seconda Guerra Mondiale.  
 
Le prime notizie relative alla chiesa si ritrovano nelle disposizioni testamentarie del’879 dell’Arcivescovo Ansperto e all’interno dell’evangelario del IX secolo conservato presso la Biblioteca Ambrosiana.